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您好，外经证是可以补办的。
深圳公司但工程在外地按照以下的步骤补办：
1、在总公司所在地市外的工程,必须在签订建安合同后,带《建筑合同》总公司营业执照副本及税务登记证复印件到总公司主管税务机关办理《外经证》,并交纳建筑合同的印花税0.03%；
2、如果外地工程需要开票时,就持总公司所开具的《外经证》及总公司营业执照副本及税务登记证复印件到外地工程所在地(B城)主管税所开具当地的建安发票,并交纳所开具发票的营业税3%,城建税0.21%及教育费附加0.09%,和当地的地方税(各个地方的税率不同),如提围费0.01%,资源税或地方性的教育费附加,及个人所得税2%.你开票时交纳以上税种后,税所也就把开票的《完税凭证》交付给你。
3、取得税所开具的发票后,带回总公司盖上发票专用章,发票联交付给委建方,记帐联及《完税凭证》留总公司作帐用。
4、月底,总公司报税时,还要补交纳以上外地所开具发票的所得税2%（核定征收方式,各地方也不同）；
5、《外经证》到期的,或开票金额超过外经证金额的和工程完工后,都必须持《外经证》回总公司主管税务机关办理相关续证或注销手续。
沪公网安备31011502004574